Genshiken segue as vidas de um grupo de universitários estudantes que se agregam por seus hobbies compartilhados e as provações e aventuras associadas com ser otaku . A história começa com a introdução de Kanji Sasahara, um tímido, falta-confiança calouro que no dia clube na universidade, decide se juntar a um clube que ele realmente gosta, Genshiken. Durante seus quatro anos na Universidade Shiiou , Sasahara trata de aceitar a si mesmo por quem ele é e perde as inibições e culpa uma vez que ele sentiu e associada com a cultura otaku, tornando-se um clubmember entusiasmado, e por um tempo, um presidente de clube capaz. Como a história de avanços Genshiken, o foco também é colocada em Kasukabe Saki, uma determinada não-otaku que inicialmente se esforça para arrastar o namorado para fora do clube, e Ogiue Chika, um auto-proclamado otaku-hater que se sente uma vergonha profunda e auto-aversão para com os seus próprios interesses e hobbies. Durante o decorrer da série, o leitor é testemunha que o grupo cresce em sua coesão ao longo do tempo, e construção de vínculos entre os personagens como eles começam a ver-se como mais do que sócios do clube, mas os amigos também. Neste contexto, as atividades do clube, tais como passeios de grupo, a peregrinação semestral para Comifes , e até mesmo simplesmente pendurados no clubroom, permitir que as relações dos personagens complexos de se transformar em amizade, paixão e, às vezes, até mesmo o amor. Embora nunca tenha alguns deles bastante ver olho no olho sobre os seus interesses ou as vidas que levam, eles são mantidos juntos por laços de amizade que eles compartilham.
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